Principe et Procédure de la coproculture de routine: Recherche des salmonelles et shigelles. Après l’ intérêt clinique de cet examen, nous verrons comment se passe le prélèvement, l’ensemencement, la lecture des colonies et l’identification. Bien sûr, sans oublier la validation biologique qui accompagne tout résultat.

Sommaire

• Intérêt clinique de la coproculture pour salmonelles et shigelles
• Technique de prélèvement
• Procédure
  • Ensemencement et microscopie
  • Lecture des colonies et identification biochimique
  • Antibiogramme
• Bibliographie

Le principe de la coproculture de routine consiste à rechercher généralement Campylobacter, Yersinia enterocolitica les  Salmonella, ainsi que les  Shigella.  Ceci, selon une procédure qui permet d’isoler au  sein  d’une flore complexe [1], ces quelques espèces par un ensemencement de la selle, la reconnaissance de colonies suspectes, leur identification biochimique, puis leur antibiogramme. La coproculture de routine se fait généralement sur selles liquides ou molles, et/ou glaireuses, et/ou hémorragiques.

Nous avons choisi de nous intéresser à la recherche par coproculture  des Salmonella, ainsi que des Shigella dans  cet article.  Ne manquez pas le prochain article sur l’identification des salmonelles et shigelles lors de la coproculture.

Intérêt clinique de la coproculture pour salmonelles et shigelles

Les shigelles sont responsables de dysenterie dite « bacillaire » ou shigellose.  Les salmonelles peuvent être responsables de fièvre typhoïde et paratyphoïde, de septicémie, et de gastroentérite (cas des salmonelloses dites mineures). Dans le deux cas, elles provoquent un syndrome dit dysentériforme (qui voit le sang et le mucus passer dans les selles), à la différence du syndrome dit cholériforme, caractérisé par des selles abondantes, aqueuses, sans mucus,ni pus[3] .

Technique de prélèvement

Les selles doivent être recueillies avant l’antibiothérapie,  dans un pot stérile.

Il  vaut mieux les  recueillir au début de la diarrhée [4].  

Lors de l’éducation du patient, relative au prélèvement, il faut lui avoir recommandé de prélever de préférence les parties contenant du sang, du mucus ou du pus. Les selles devraient parvenir au laboratoire dans un flacon étanche, hermétiquement fermé. Ceci immédiatement après le recueil, ou conservées à une température de +2 à +8°C pendant au maximum un jour afin d’éviter la dessiccation et la prolifération des bactéries et levures commensales.

Procédure

Ci après, un schéma de l’algorithme permet de récapituler tout ce que nous allons évoquer.

Pratiquement au laboratoire de bactériologie, voici les étapes que nous suivons après le contrôle qualité de l’échantillon et son enregistrement.

Ensemencement et Microscopie

L’on ensemence une noix de selles sur bouillon d’enrichissement spécifique tel que Sélénite ou encore Muller Kauffman. Généralement, le bouillon est contenu dans des tubes à vis stérilisés à l’autoclave. Un prochain article parlera de la méthode de préparation des bouillons de culture. L’on incube cette préparation à 37°C pendant 4 à 6h [2] .

Ensuite,  à l’aide de l’anse de platine, l’on fait un étalement dans un peu d’eau physiologique stérile de la selle. La préparation ne doit pas être trop fine ou ou trop épaisse. L’on doit pouvoir distnguer l’écriture d’un papier imprimé à travers l’ étalement.

Deux autres étalements selon les normes sont faits pour un examen parasitologique( eau physiologique et lugol) pour la lecture à l’ état frais entre lame et lamelle.

Gram d’entrée

La lecture de ce Gram d’entrée nous permettra de faire le typage de la flore bactérienne intestinale et de noter l’abondance de polynucléaires. Le typage de la flore est plutôt lié au dysmicrobisme intestinal. Et non  pas directement à la recherche de salmonelles et shigelles. Ces dernières ne sont pas vraiment assez caractéristiques pour être reconnaissables sur ce Gram.

Cependant pouvoir noter l’abondance de polynucléaires participe à la validation biologique. Le déséqulibre de la flore étant une cause possible de diarrhée, il est tout à fait indiqué d’estimer les différents types pour l’intérêt du patient.

Etat frais

L’état frais permet de faire un examen parasitologique et donc d’’avoir un diagnostic différentiel à peu de frais. Le patient pourrait souffrir de dysenterie amibienne. Trouver cette cause permettrait de le soulager de son mal.

Par ailleurs, pouvoir observer la mobilité caractéristique de certaines bactéries entre dans le cadre du diagnostic de pathologies comme le Choléra etc. Le technicien doit pouvoir sortir de la demande d’examen s’il note un élément pertinent pour le diagnostic d’une pathologie et la prise en charge du patient.

Puis après 4 à 6h d’incubation, le bouillon d’enrichissement sera repiqué sur les milieux d’intérêt  à l’aide d’une anse de platine stérilisée au bec Bunsen.

Après 18h à 24h d’incubation en aérobie à 37°C+/-2, les milieux de culture seront examinés à la recherche de colonies suspectes.

Lecture de colonies et tests d’identification

Si l’on observe des colonies suspectes, un Gram de contrôle est fait sur cette colonie. On doit observer des bacilles Gram négatif. Puis un test d’oxydase est fait. Il doit être négatif comme pour toutes les entérobactéries. Si c’est le cas, l’on fait ensuite un test d’uréase et d’indole sur une colonie identique [2].

Ensuite, si le résultat le permet, une galerie pour entérobactérie, comme API 20^E, ou encore Enterosystem, RapidOne etc est alors ensemencée.

NB: Cependant, il va sans dire que , comme le recommande la littérature,l’on devrait repiquer les colonies suspectes sur Gélose Nutritive Ordinaire. Et c’est à partir  des colonies isolées de ce milieu que les tests d’identification et la suspension pour antibiogramme doivent être faits.

De plus, lorsque c’est possible, le sérotypage des salmonelles est appréciable. La souche sera ensuite envoyée au centre de référence des Salmonella pour confirmation du serotypage.

Un prochain article donnera les différents éléments d’identification biochimique des salmonelles et shigelles et un autre, la procédure du sérotypage.

Antibiogramme

Pour finir, l’antibiogramme. Il se fait sur gélose Mueller-Hinton.

Les antibiotques à tester doivent être choisis  selon les  recommandations du Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie.

Celles-ci sont faites par le biais d’un guide mis à jour chaque année. Voici l’ édition d’ Avril 2021.

Bibliographie

1.Université de franche Comté.Bacterioweb.Examen des matières fécales : coproculture.repéré à http://baterioweb.univ-fcomte.fr/bibliotheque/remic/06-Matir.pdf

2. Cheesbrough M. (2010).District Laboratory Practice In tropical countries.2^nd edition Update.Part2.Cambridge University Press

3.Université Pierre et Marie Curie. Service de Bactériologie. (2003) Bactériologie. Repéré à http://www.chups.jussieu.fr/polys/bacterio/bacterio/bacterio.pdf

4.World Health Organization. (2003).Basic laboratory procedures in clinical bacteriology.2^nd edition. Repéré à http://apps.who.int/iris/bitsream/10665/42696/1/9241545453.pdf

Avertissement: La procédure ci-dessus décrite est un exemple. Pour la rendre applicable dans votre laboratoire, elle doit être validée par votre directeur technique.

Les auteures:

-Rédigé par Renée A. LEYEBE, titulaire d’une Licence en Sciences de la Santé, option Analyses Médicales

-Validé par Petronile NGO ETOUNDE, titulaire d’un Master en Microbiologie et Immunologie.